通過對環境中細菌16SrRNA和真菌ITS高變區進行測序，能同時對環境中優勢物種、低豐度物種和難以分離培養的物種進行檢測，分析環境中微生物在不同水平下的組成和豐度，比較不同環境中微生物的組成和豐度差異。
1. 醫學領域：常見疾病與人體微生物的關系；
2. 動物領域：腸道、瘤胃動物健康/營養消化研究等；
3. 特殊極端環境：極端環境條件下的微生物類群研究；
