小RNA測序是一類序列長度在20~30nt，對生命活動具有重要調控作用的RNA分子。他們通過與靶基因mRNA特異性結合來調控基因表達，從而在疾病發生和生長發育過程中起著重要的調控作用。小RNA測序是針對樣本中的miRNA、piRNA等展開，既能鑒定已知sRNA、也能預測新的sRNA，并預測sRNA的靶基因，為研究small RNA功能及調控機制提供有力手段。
